Los científicos han reconstruido el genoma más antiguo conocido de la bacteria Escherichia coli a partir de fragmentos de 400 años de antigüedad. Este hallazgo ofrece una ventana única para comprender la historia evolutiva de un patógeno que, aunque suele vivir en armonía con los humanos, puede causar intoxicaciones alimentarias graves.
A diferencia de pandemias bien documentadas como la Peste Negra, que devastó a la mitad de la población europea durante medio milenio, los brotes causados por bacterias como E. coli, Pseudomonas aeruginosa o Staphylococcus aureus dejaron pocos registros históricos. Por ello, desconocemos cuántas muertes han provocado a lo largo de los siglos, aunque se estima que su impacto asciende a varios millones.
Una bacteria comensal
Gran parte de este "anomalía" se explica porque la mayoría de estos microorganismos son comensales: viven en el intestino de mamíferos sin causar daño la mayor parte del tiempo. Sin embargo, ciertas cepas de E. coli pueden producir intoxicaciones alimentarias severas que evolucionan a sepsis, afectando sobre todo a ancianos, inmunodeprimidos y niños. Recientemente, el escándalo de la pizza Buitoni volvió a poner el foco en su peligrosidad. La resistencia a antibióticos, descubierta por Alexander Fleming, complica aún más el tratamiento; por eso, estudiar cepas pre‑antibióticas resulta crucial.
Una momia italiana del siglo XVI de la que se extrajeron fragmentos de ADN de E. coli. Crédito: División de Paleopatología de la Universidad de Pisa.
Mummias de la nobleza napolitana
Una de esas cepas, de aproximadamente 400 años, fue identificada en una momia encontrada en la abadía de San Domenico Maggiore, Nápoles, en 1983. Los investigadores de la Universidad McMaster (Canadá) y la Universidad Paris Cité analizaron a Giovani d'Avalos, un noble renacentista que murió en 1586 a los 48 años. Sufría de colecistitis crónica, una inflamación de la vesícula biliar provocada por cálculos. Erick Denamur, especialista en genética de poblaciones de E. coli, halló allí fragmentos bacterianos de más de cuatro siglos de antigüedad.
«Fue conmovedor secuenciar esta E. coli antigua y descubrir que, aunque casi única, pertenece a una línea filogenética característica de los comensales humanos actuales que causan colecistitis», comentó en un comunicado de prensa.
Análisis del genoma ancestral
La reconstrucción mostró 4 446 genes pertenecientes al filogrupo A y a una secuencia tipo 4995 extremadamente rara. La cepa no posee factores de virulencia específicos ni resistencia adquirida a antibióticos, aunque algunos genes que pueden inducir resistencia ya estaban presentes. El filogrupo A se asocia habitualmente a poblaciones rurales o poco urbanizadas y a infecciones biliares, lo que sugiere que se trataba de un germen oportunista que aprovechó una condición inmunológica desfavorable en el noble.
Otros microorganismos y transferencia genética
Además de E. coli, se identificaron fragmentos de Klebsiella aerogenes. Los investigadores proponen que ambas bacterias intercambiaron genes mientras cohabitaban en los conductos biliares de d'Avalos. «Nuestra reconstrucción de esta E. coli antigua ayuda a pintar un panorama más completo de la carga de infecciones oportunistas en el pasado», explican los autores, añadiendo que el estudio ofrece un punto de referencia para seguir la evolución de los genomas de distintas cepas y, quizá, predecir su futuro en términos de virulencia y resistencia.
