Una posibilidad es que las arqueánforas se extinguieran debido a cambios ambientales. El clima durante el período de Ediacara era muy diferente al actual. La Tierra era mucho más cálida y los océanos eran más ácidos. Estos cambios pueden haber dificultado la supervivencia de las archaeamphora.
Competencia de otros organismos
Otra posibilidad es que las archaeamphora se extinguieran debido a la competencia de otros organismos. El período de Ediacara fue una época de grandes cambios evolutivos. Muchos organismos nuevos evolucionaron durante este tiempo, incluidos animales y plantas. Es posible que estos nuevos organismos hayan competido con las archaeamphora por alimentos y recursos, lo que llevó a su extinción.
Enfermedad
Finalmente, también es posible que las arqueánforas se extinguieran debido a una enfermedad. Las enfermedades pueden propagarse rápidamente a través de una población y pueden ser muy mortales. Si las arqueánforas estuvieran infectadas con alguna enfermedad, ésta podría haber provocado su extinción.
Es probable que una combinación de estos factores condujera a la extinción de las arqueánforas. Los cambios ambientales, la competencia de otros organismos y las enfermedades influyeron en su desaparición.