El anuncio de Junagadh Nawab de unirse a Pakistán causó malestar entre el pueblo de Junagadh y el pueblo se opuso a la acción de Nawab y estableció un gobierno provisional independiente. El Gobierno de la India envió un telegrama al Primer Ministro de Pakistán, Liaquat Ali, pidiéndole que rechazara la adhesión de Junagadh. Lord Mountbatten envió este telegrama a Karachi en manos del Jefe del Estado Mayor del Gobernador General, Lord Ismay. Liaquat Ali se negó a aceptar esta demanda del Gobierno de la India diciendo que el telegrama enviado con Lord Ismay no había sido firmado por el ministro en cuestión, Jawaharlal Nehru. El 13 de septiembre de 1947, el gobierno de Pakistán anunció que la decisión de Junagadh Nawab había sido aceptada y ahora sería considerada parte de Pakistán.
Un pequeño contingente de Pakistán fue enviado a Junagadh por mar. Esta acción de Pakistán violó el acuerdo alcanzado entre el Congreso y la Liga Musulmana, en el que ambas partes habían acordado que los estados principescos rodeados por las fronteras de la India tendrían que encontrarse en la India.
Después de que Pakistán aceptara el anuncio de la anexión de Junagadh, los soldados de Nawab Muhammad Mahabat Khanji comenzaron a perseguir al pueblo hindú del estado de Junagadh, de modo que la mayoría de los hindúes huyeron de Junagadh. Hubo una reunión de pequeños estados principescos hindúes alrededor de Junagadh.
El Nawab se apoderó de estos estados principescos enviando sus ejércitos. Buscó ayuda del Gobierno de la India. Mountbatten sugirió que el asunto debería llevarse a las Naciones Unidas o de lo contrario estallaría una guerra entre India y Pakistán. A Sardar Patel no le gustó esta sugerencia. También querían desafiar a Hyderabad y Cachemira enseñándole a Junagadh una dura lección.
El 24 de septiembre de 1947, el Gobierno de la India pidió a las Fuerzas de Defensa de Kathiawar que tomaran medidas contra Junagadh. Este ejército rodeó a Junagadh por todos lados. Unos días más tarde, cuando el ejército de Junagadh carecía de logística, el ejército indio avanzó. El pueblo de Junagadh dio la bienvenida a este ejército.
El 24 de octubre de 1947, el Nawab huyó a Pakistán en su avión especial. Quería llevar a sus cuatro esposas y cientos de perros en un avión, pero una esposa y muchos perros quedaron en Junagadh. El Nawab también se llevó todas sus joyas. El Nawab y su familia se establecieron en Karachi. El 9 de noviembre de 1947, el ejército indio capturó Junagadh.
El 20 de febrero de 1948, el Gobierno de la India organizó un referéndum en Junagadh, en el que participaron más de 2 lakh de la población del estado principesco y el 99 por ciento de la población expresó su deseo de unirse a la India. Nawab Muhammad Mahabat Khanji murió en Pakistán el 17 de noviembre de 1959. Nawab Shah Nawaz Bhutto de Junagadh también fue a Pakistán, donde le dieron una enorme tierra en Karachi.
