Obstáculos naturales
Territorio inexplorado: Debieron cruzar extensas regiones silvestres sin mapas ni información fiable sobre ríos, pasos de montaña y senderos.
Ríos y rápidos: Navegaron ríos peligrosos como el Missouri, enfrentando corrientes violentas y rápidos traicioneros.
Terreno montañoso: La cordillera de los Apalaches y, sobre todo, las Montañas Rocosas, les impusieron ascensos empinados, pasos estrechos y acantilados peligrosos.
Clima extremo: Sufrieron calor abrasador, heladas intensas, lluvias torrenciales y tormentas de nieve que dificultaron la marcha.
Enfermedades: La tripulación padeció disentería, viruela, infecciones oculares y otras dolencias que minaron su salud.
Obstáculos humanos
Relaciones con los nativos: Se encontraron con numerosas tribus indígenas, cada una con su lengua y costumbres; ganar su confianza fue vital para la supervivencia.
Barreras lingüísticas: La comunicación dependía de intérpretes, lo que generaba malentendidos y riesgos de interpretación errónea.
Conflictos internos: Surgieron discrepancias y tensiones entre los miembros del grupo, que tuvieron que resolverse para mantener la cohesión.
Escasez de suministros: Reabastecerse resultó complicado debido al aislamiento de los territorios recorridos.
Tensiones políticas: La expedición coincidió con rivalidades entre Estados Unidos y potencias europeas, añadiendo incertidumbre y peligros diplomáticos.