Bajas de la Unión
En la Batalla de Fort Donelson, las fuerzas de la Unión sufrieron aproximadamente 2.000 bajas, de las cuales cerca de 500 fueron muertos o murieron por sus heridas y 1.500 resultaron heridos.
Bajas de la Confederación
Las pérdidas confederadas fueron mucho mayores: alrededor de 15.000 soldados se rindieron ante el ejército de la Unión.