A mediados del siglo XVII, la organización administrativa de los territorios americanos debía mucho al aporte de las capitales (México y Lima) de los dos virreinatos (Nueva España y Perú), que fueron capaces de albergar centros educativos, de difundir ideas , promover la cultura en todos sus ámbitos y rodearse, en definitiva, de una auténtica Corte en la América hispana alejada de las metrópolis. El entramado urbano de las capitales de los virreinatos fue capaz de organizar y entrelazar toda una red de pequeñas ciudades y pueblos que produjeron su efecto en una verdadera integración cultural. Sin duda, entre los aspectos esenciales que impulsaron la introducción de toda la cultura hispánica se encuentran:por un lado, la difusión del español, por el otro, el papel de la imprenta y, finalmente, la fundación de la Universidad . Todos estos elementos están claramente relacionados y deben su razón de ser al impulso promovido por las dos primeras ciudades virreinales fundadas en Hispanoamérica:las ciudades de México y Lima.
Ciudad de México
La Ciudad de México, refundada por Hernán Cortés en 1521 sobre los cimientos de la última capital azteca, Tenochtitlán, sufrió una extraordinaria transformación urbana a lo largo del siglo XVII. Los primeros pasos se dieron durante el virreinato de don Antonio de Mendoza , en la década de 1530. Las constantes inundaciones producidas durante el siglo XVI y principios del XVII obligaron a una profunda reflexión sobre la necesidad de construir fuertes presas e incluso de proceder a un canal de drenaje para vaciar la laguna. Los proyectos de expansión de una ciudad en expansión ya no se detendrían, como lo demuestran la deforestación para madera, los sistemas de cultivo intensivo, que terminarían erosionando el suelo, y las modificaciones al sistema de diques, con cambios hidráulicos que propiciarían. Hacia 1650, según los cronistas, la ciudad superaba los 20.000 edificios y hacia finales de siglo podía albergar unas 50.000 almas (1689). La ciudad siguió transformándose y como señalan las crónicas, apenas hay calle donde no se construyan o decoren casas . De alguna manera se prepara el camino para los grandes cambios que se producirán en la ciudad capital durante el virreinato de Bucarelli en el siglo XVIII. con las reformas borbónicas. El papel de la administración virreinal se reforzó fundamentalmente en las secciones de higiene, salud y policía, que exigieron a través de sanciones y ordenanzas una regulación de las actividades urbanas en el centro de la capital y en los barrios. Un crecimiento que se manifiesta, sobre todo, en la calidad de las edificaciones y en la expansión urbanística que llevará a la ciudad a superar los 150.000 habitantes.

Lima
En cuanto a la ciudad de los Reyes de Lima, llamada así en honor a la epifanía, fue fundada en 1535 por Francisco Pizarro . La densa red de asentamientos indígenas, suficientemente articulada, había impedido la fundación de ciudades en Perú a mayor escala. La ciudad es capital del Virreinato del Perú, sede de la Corte (1542) y sede Arzobispal, por privilegio otorgado por la Santa Sede (1546), cuenta con un Tribunal de la Inquisición, una Universidad y una importante catedral.
Los frecuentes terremotos (cuatro entre 1586 y 1687) obligaron a desplegar una importante actividad constructiva. Aparecen acueductos, rompeolas o muros de contención ante la crecida de los ríos, se termina el puente sobre el Rímac, se construye la catedral (terminada en 1622), se construyen nuevos hospitales (San Lázaro, La Caridad, San Juan de Dios, San Pedro y del Espíritu Santo), se erigen numerosos conventos y monasterios. Es decir, la ciudad se articula en torno a sus barrios y hacia 1630 ya son 30.000 habitantes. La función portuaria de Lima desde el Callao, le permitió una proyección oceánica de primer orden, saliendo desde sus muelles diferentes expediciones descubridoras, como la de Mendaña, para descubrir el Salomón o las de Fernández de Quirós y Báez de Torres, según indicó. alguna corriente historiográfica, Australia , en homenaje a la dinastía Habsburgo que gobernaba España. La capital del virreinato también concentra importantes cantidades de fondos que provienen de los distritos mineros, fundamentalmente de las minas del cerro de potosí. .
Como ciudad capital del virreinato y sede universitaria, Lima fue partícipe de múltiples expresiones culturales. De la Universidad de San Marcos , como cabeza difusora de la cultura, hasta los más modestos colegios y escuelas de la ciudad, se generó todo un ambiente cultural al que contribuyeron las tertulias en las residencias de algunos nobles. A las academias, sociedades y salones asistieron miembros de la nobleza, artistas y científicos, que junto con escritores, poetas y dramaturgos nos permiten evaluar el nivel intelectual de la ciudad. La producción bibliográfica, gracias al tirón de la imprenta, desde sus inicios en 1584, arroja datos esclarecedores sobre la magnitud cultural de Lima y el virreinato.
La capital se expande y sus construcciones dan paso a los proyectos ilustrados del siglo XVIII, como el Paseo de las Aguas, la plaza de toros y la Alameda de Lima, todos ellos logros de la política constructiva del Virrey Amat. Por su posición política, su actividad económica y su proyección sociocultural, con una intensa vida intelectual, Lima jugó un papel destacado en el Nuevo Mundo hasta mediados del siglo XVIII. Aunque la creación del virreinato de Nueva Granada (1717) reorganizó las demarcaciones políticas, Lima perdió sólo algunos territorios que en realidad ya disfrutaban de su autonomía. Sin duda, el mayor impacto se dio con la creación del virreinato de La Plata (1776), que cambió el rumbo y orientaciones impuestas por el nuevo tráfico mercantil.

México y Lima se convirtieron, hasta la aparición del nuevo sistema modelado por los Borbones y la configuración de dos nuevos virreinatos en el siglo XVIII, en las capitales que unieron poder y hacedores de integración cultural. Albergaron las primeras universidades, las primeras catedrales, los primeros centros educativos, las primeras imprentas y casas de moneda, en definitiva, los instrumentos necesarios para la gobernanza política, social, religiosa y cultural. Las Cortes Virreinales, apareciendo a la sombra de estas ciudades, no harían más que corroborar el importante poder que ejercían los virreyes, siempre mediado por la influencia de las élites criollas, y en ocasiones demasiado alejadas de las instrucciones enviadas desde Madrid.