Desde el siglo XIV la Reconquista había entrado en una pausa; las crisis económicas, sociales y políticas que sufrían los reinos cristianos les impedían dedicar recursos a la lucha contra los musulmanes. El reino nazarí sobrevivía alrededor de Granada, pagando tributo a los reyes de Castilla.
Los musulmanes fueron los primeros en reanudar las hostilidades: a finales de 1481 tomaron por sorpresa la ciudad fronteriza de Zahara; la nobleza andaluza reaccionó y, el 28 de febrero de 1482, capturó Alhama. Los Reyes Católicos decidieron intervenir con vigor, defendiendo Alhama y convirtiendo lo que podría haber sido un simple escaramuza en el primer acto de una larga guerra que, diez años después, se conocería como la Guerra de Granada y culminaría con la desaparición del poder musulmán en la península.
Granada tomada por los Reyes Católicos
Entre 1481 y 1483 los cristianos intentaron sin éxito apoderarse de Loja y ocupar Málaga; sin embargo capturaron a Boabdil, hijo y rival del sultán Abul Hasan Ali, conocido en las crónicas como el Muley Hacén. Astutamente, los monarcas liberaron a Boabdil, quien se declaró vasallo y se proclamó rey de Granada en sustitución de su hermano Muley Hacén, fallecido poco después.
Mientras tanto, los Reyes Católicos rodearon Ronda, que se rindió en mayo de 1485. En mayo de 1487 comenzó el asedio de Málaga, que concluyó el 18 de agosto con una rendición incondicional. Según lo pactado con Boabdil, al tomar los cristianos Baza, Guadix y Almería, el rey musulmán entregaría la capital en breve; sin embargo Boabdil rehusó cumplir el acuerdo, lo que obligó a los monarcas a reactivar las hostilidades.
Ferdinando movilizó numerosas tropas bajo su mando directo; Isabel y la corte se instalaron en el campamento, y se fundó la ciudad militar de Santa Fe como centro logístico. Ante la falta de opciones, Boabdil aceptó negociar. La capitulación se firmó el 25 de noviembre de 1491 y, unas semanas después, el 2 de enero de 1492, los Reyes Católicos entraron solemnemente en la capital granadina.

Proceso de conversión de los musulmanes tras la Guerra de Granada
El recién conquistado reino quedó bajo la autoridad de dos personas de plena confianza de los monarcas: Íñigo López de Mendoza, conde de Tendilla, nombrado alcalde y capitán general, y el fraile Hernando de Talavera, designado arzobispo de Granada. La capitulación garantizaba a los musulmanes de Granada la libertad de culto, el uso de su lengua y vestimenta, la práctica de sus costumbres y la aplicación de sus propias leyes.
Talavera, confesor de la reina e inaugural arzobispo, se encargó de la conversión mediante medios pacíficos y apostólicos: evangelización, catecismos en árabe, traducciones de los evangelios y sermones. Los resultados fueron alentadores pero lentos. En 1499, durante una visita de los Reyes Católicos, el entonces arzobispo de Toledo, Francisco Jiménez de Cisneros, confesor de Isabel, propuso medidas más enérgicas. Bajo su influencia, el número de conversiones aumentó, pero los métodos coercitivos provocaron revueltas en el Albaicín y en la Alpujarra.
Como consecuencia, el 11 de febrero de 1502 los monarcas emitieron el pragmático que declaraba que los musulmanes de la ex‑Granada habían incumplido lo pactado en 1491. Se les obligó a convertirse al cristianismo o abandonar España; la mayoría optó por la conversión y pasó a llamarse moriscos. Esta comunidad siguió generando tensiones durante el siglo XVI, hasta su expulsión definitiva a principios del siglo XVII.