Las relaciones con Marruecos han pasado por varias etapas desde 1975. Estas fases han fluctuado entre la colaboración y la confrontación:la Marcha Verde o este problema en la isla Perejil. En general, abundan los intereses comunes, pero también hay cuestiones aparcadas que, en un momento dado, pueden provocar graves conflictos. Nos referimos no sólo a las ciudades españolas del norte de África y los enclaves adyacentes, sino también a las disputas existentes sobre la definición de fronteras en las aguas que bordean las Islas Canarias.
La Isla Perejil forma parte de las llamadas plazas de soberanía española en el norte de África. Se trataba de territorios que se encontraban fuera de los límites del Protectorado español de Marruecos y que son un conjunto de islas y peñas situadas frente a las costas de Marruecos (ver mapa). Las más conocidas, sobre todo para quienes tuvieron que hacer el servicio militar obligatorio en Ceuta o Melilla, son las Islas Chafarinas, las Islas Alhucemas y el peñón de Vélez de la Gomera, a estos enclaves hay que añadir la Isla Perejil. 
Estos territorios, con escaso o nulo valor estratégico en la actualidad, tienen, por el contrario, un alto valor simbólico tanto para España como para Marruecos. La reivindicación de la soberanía marroquí aparece en cuanto, por el motivo que sea, se disparan las tensiones entre ambos países. Y eso es lo que ocurrió cuando subió al trono el actual rey Mohamed VI (1999).
El incidente de la isla Perejil fue un enfrentamiento armado -aunque no se disparó ni un solo tiro- entre España y Marruecos. Ocurrió entre el 11 y el 20 de julio de 2002 y el motivo del enfrentamiento fue la ocupación militar de la isla Perejil, primero por algunos gendarmes y después por marinos marroquíes. Ha sido la crisis más grave entre España y Marruecos desde la Marcha Verde de 1975.
¿Qué circunstancias hicieron que las relaciones entre los dos países se erizaran? Las primeras divergencias surgieron en el tema de la pesca; en el año 2000 se iniciaron negociaciones entre la UE y Marruecos, y su fracaso fue el comienzo del distanciamiento. La falta de acuerdo hizo que el gobierno español se acercara a Argelia y Túnez. No debemos olvidar que Argelia es el gran competidor de Marruecos por el dominio del Magreb.
Otro tema de confrontación fue el de la inmigración ilegal. El gobierno de Aznar endureció las leyes de inmigración y acusó a Marruecos de no hacer esfuerzos para detener el flujo de inmigrantes provenientes de sus costas. También se sumaron al importe de las reparaciones la supuesta financiación española del Frente Polisario y el desacuerdo sobre los permisos de explotación petrolera que el gobierno español había concedido a Repsol cerca de las Islas Canarias, que se encontraban, según Marruecos, en sus aguas territoriales.
Para algunos analistas, el distanciamiento también debía explicarse internamente en Marruecos. Las expectativas de cambio que había suscitado la subida al trono de Mohamed VI se habían visto defraudadas y los islamistas regresaban a la escena política. Ante estos problemas, el monarca y el gobierno marroquí podrían haber optado por buscar la cohesión interna recurriendo al enemigo externo.
La escalada de tensión diplomática culminó el 28 de octubre de 2001 con la retirada del embajador marroquí, un gesto muy hostil en el lenguaje diplomático. El conflicto escaló un paso más el 11 de julio de 2002, cuando un grupo de doce hombres de la Gendarmería Real de Marruecos desembarcó en la isla de Perejil. La ocupación se argumentó como un medio para frenar el tráfico ilícito, en un peñón que Marruecos afirma que le pertenece desde la independencia. La primera reacción española fue moderada, alejada de cualquier respuesta militar, aunque el hecho fue denunciado ante la UE y la OTAN. España pidió la retirada de los gendarmes y el regreso al status quo anterior. La falta de respuesta de Marruecos hizo que el gobierno español comenzara a plantearse una acción militar. Antes, España había obtenido el apoyo de la UE, que emitió una dura nota de condena, y la OTAN exigió volver a la situación anterior.
Según algunas fuentes, la decisión de enviar gendarmes a la isla provino del propio rey, sin consultar a su gobierno ni a sus aliados más cercanos:Francia y Estados Unidos. Marruecos se había metido en una situación complicada de la que era difícil salir, aunque hubo algunos intentos de iniciar negociaciones.
El 16 de julio, Marruecos sustituye el destacamento de gendarmes por otro de infantería de marina, lo que implica una militarización del conflicto. En esa misma fecha, España refuerza sus guarniciones en Ceuta y Melilla y moviliza varias unidades de la Armada; ese mismo día llama a consultas al embajador español en Rabat. Pese a ello, el gobierno negó tener intenciones bélicas. Sin embargo, Marruecos recibió un ultimátum que acabó en la madrugada del miércoles 17 de julio. Poco antes, algunas unidades de operaciones especiales (boinas verdes) fueron trasladadas a Sevilla; Estas unidades –un total de 28 hombres– viajaron a la isla en siete helicópteros y llevaron a cabo un rápido asalto –la operación duró 10 minutos–. Los soldados marroquíes se rindieron sin resistencia y al día siguiente fueron devueltos a Marruecos. Mientras tanto, la Armada había bloqueado los puertos marroquíes más cercanos y dos patrulleras bloquearon el paso de la patrullera marroquí que prestaba apoyo a sus marines. La Fuerza Aérea proporcionó cobertura a todas las fuerzas con cazas F-18 y Mirage F-1. La operación militar implicó un importante ejercicio de coordinación entre los tres ejércitos.
Al finalizar la operación militar, el gobierno de Aznar se puso en contacto con el gobierno marroquí para iniciar negociaciones e informó a la UE y a la OTAN, así como al Comité de Seguridad de la ONU. Los soldados españoles, tropas de la Legión, permanecieron en la isla unos días, hasta que ambos países alcanzaron, con la mediación de Estados Unidos, un acuerdo que consistía en mantener la isla deshabitada y no tener en ella ninguna guarnición militar.
La actuación española fue interpretada por nuestro vecino del sur como una humillación, y su rey Mohamed VI no intentó evitar mostrar su falta de cariño hacia el presidente Aznar. Las malas relaciones continuaron hasta principios de 2003, cuando los embajadores regresaron a sus puestos y se consolidaron definitivamente en marzo de 2004 con la visita de Zapatero, ya como presidente del nuevo gobierno.
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