Inicio de los conflictos civiles y cambio de lealtades
En 1823, al estallar los conflictos civiles, Ioannis Makrygiannis se alineó inicialmente con la facción de Kolokotronis. Sin embargo, tras enemistarse con Gennaios Kolokotronis, pasó al bando de sus opositores y combatió contra los kolokotronianos en Tripolitsa, ciudad ocupada por funcionarios del gobierno en marzo de 1824.
Nombramiento y primera campaña
El gobierno lo nombró teniente general. Mientras los vencedores de la facción de Kountouriotis celebraban sus triunfos, llegó la noticia de la destrucción de Psara por los turcos. Ante la amenaza de un desembarco turco, Makrygiannis fue enviado a Hidra para su defensa, pero pronto fue llamado de regreso a Argos, donde, junto a Papaflessa, inició una nueva campaña contra los kolokotronianos.
Saques en Arcadia y Messinia
Las fuerzas bajo su mando arrasaron y saquearon zonas de Arcadia y Messinia. En sus memorias, Makrygiannis admite que no pudo imponer autoridad sobre sus hombres, quienes se entregaron al pillaje. En Kalyvia, Tripolitsa, sus tropas asesinaron a Panos Kolokotronis, hijo del anciano de Moria.
Financiación y corrupción
Durante el conflicto civil, el gobierno de Kountouriotis pagó generosamente a las tropas roumeliotas para combatir a los peloponesios. Ese dinero provenía del infame préstamo inglés y, en lugar de destinarse a la independencia, se utilizó para reprimir a los opositores políticos.
Misión a Atenas y enfrentamiento con Gouras
En noviembre de 1824, Makrygiannis fue enviado a Atenas como emisario del gobierno para persuadir a Gouras y a otros caudillos de acudir al Peloponeso. Nombrado comandante de la guarnición de Nafplio, participó en combates en la zona de Corinto. Los funcionarios lograron imponerse, pero Gouras protagonizó un saqueo desmesurado. Simultáneamente, bajo Karaiskakis, se produjeron saqueos en Aegio.
Makrygiannis, al constatar la magnitud del daño, exclamó: «¡Dios, concédenos sabiduría y virtud para salvarnos, no para perecer prematuramente!». Intentó prohibir el pillaje a sus 350 hombres, pero al observar lo que hacía Gouras, estos desobedecieron y adoptaron la misma conducta, dejando sólo los muros de las casas en cada aldea. Castigó severamente a cuatro soldados, aunque su medida fue insignificante frente al caos general.
Desilusión y regreso a Nafplio
El caos y el odio generados por la guerra civil amenazaron seriamente el éxito de la revolución. «Desgraciadamente, los griegos no aprendemos de nuestros errores», lamentó Makrygiannis. Desencantado, volvió a Nafplio, se presentó ante la administración y solicitó no participar más en los conflictos internos.
«Informé al gobierno que estaba en medio de una guerra civil, que se estaban violando las leyes; pedí una orden para ir a Roumeli a luchar contra los turcos, o que disolvieran mi cuerpo, pero no obedecería una orden para una guerra civil», declaró.
Campaña contra Ibrahim y últimos combates
Aun así, se le ordenó marchar a Arcadia. Mientras tanto, Ibrahim desembarcó en el Peloponeso y, en la batalla de Kremmidi, derrotó a las fuerzas de Kountouriotis. El señor de Egipto sitió los fuertes de Navarino. Makrygiannis, entonces en Arcadia, quiso unirse al combate, pero los dirigentes locales le impidieron avanzar por miedo a su seguridad. Sus propios hombres estaban divididos: «La mitad me apoyaba, la otra mitad se rehusaba; el gobierno nos destinó a Arcadia, no a los árabes».
Con algunos voluntarios, Makrygiannis se dirigió a Navarino y defendió el castillo de Neokastro contra Ibrahim durante varios días, hasta que lo entregó por tratado y partió a Kalamata a bordo de un buque británico con los sobrevivientes. Allí se reencontró por última vez con Papaflessa, que se dirigía a su fatal destino en Maniaki. Papaflessa le instó a seguirlo, pero Makrygiannis rechazó la orden porque sus hombres estaban desarmados y muchos heridos.
Rebelión en Tripolitsa y últimos movimientos
Al llegar a Tripolitsa, sus tropas se rebelaron exigiendo salarios y compensación por las armas valiosas que habían dejado en Neokastro. Makrygiannis pagó de su propio bolsillo. Posteriormente volvió a Nafplio, pero el gobierno le ordenó regresar a Tripolitsa para defender la ciudad frente a las filas de Ibrahim. En el camino, se enteró de que la ciudad ya había caído.
