Al comienzo de los conflictos civiles, en 1823, Ioannis Makrygiannis inicialmente se encontró del lado de la facción Kolokotronis. Sin embargo, al entrar en conflicto con Gennaios Kolokotronis, se puso bajo las órdenes de sus oponentes y luchó contra la porción de Kolokotronis en Tripolitsa, que los funcionarios del gobierno ocuparon en marzo de 1824.
Makrygiannis fue nombrado teniente general por los funcionarios del gobierno. Mientras tanto, sin embargo, la situación de guerra empezó a agudizarse. Mientras los victoriosos funcionarios del gobierno de Kountouriotis celebraban sus victorias, llegaron las malas noticias. Los turcos habían destruido Psara. Pronto seguirán acontecimientos aún peores. Makrygiannis, sin embargo, fue enviado por el gobierno a Hydra, para proteger la isla de un posible desembarco turco. Sin embargo, pronto fue llamado a Argos y, junto con Papaflessa, emprendió una nueva campaña contra los kolokotronianos.
Los gobernadores derrotaron y saquearon zonas de Arcadia y Mesenia. Makrygiannis afirma, en sus memorias, que no pudo imponer su autoridad a sus hombres desordenados, que llevaron a cabo el saqueo. En Kalyvia, en Tripolitsa, los hombres de Makrygianni mataron a Panos Kolokotronis, el hijo del anciano de Moria.
A lo largo del conflicto civil, Makrygiannis informa que el gobierno de Kountouriotis pagó generosamente a las tropas rumelióticas para luchar contra los peloponesios. Este dinero provino del infame préstamo inglés y, en lugar de usarse para la libertad de la patria, se gastó en lidiar con asuntos políticos. opositores al régimen.
En noviembre de 1824, Makrygiannis fue enviado a Atenas, como emisario del gobierno, para persuadir a Goura y otros jefes de que fueran al Peloponeso a luchar. Makrygiannis fue nombrado comandante de la guarnición de Nauplia y, como tal, participó en las batallas contra los militares en la zona de Corinto. Los funcionarios del gobierno prevalecieron y Gouras procedió a un saqueo increíble. Al mismo tiempo, otras fuerzas gubernamentales, bajo el mando de Karaiskakis, saquearon la región de Aegion. Makrygiannis comenzó entonces a comprender los daños causados por el conflicto civil y exclamó:"¡Dios, danos conocimiento y virtud para salvarnos, no para perecer prematuramente!".
Él mismo, como escribe, prohibió a sus hombres (unos 350) saquear. Pero cuando vieron lo que Gouras le hizo a su pueblo, dejaron de obedecer a Makrygiannis y siguieron la misma táctica. De cada pueblo que abandonaron, sólo quedaron las paredes de las casas ! Makrygiannis se vio obligado a castigar severamente a cuatro de sus soldados que robaban y saqueaban. Sin embargo, este castigo fue una gota en el océano.
La devastación y el odio provocados por el conflicto civil casi tuvieron un efecto desastroso en el resultado de la revolución. Desafortunadamente, los griegos no aprendemos de nuestros errores. Completamente disgustado por la situación, Makrygiannis regresó a Nafplion. Allí Makrygiannis se presentó ante la administración y negó cualquier implicación adicional en los conflictos civiles.
"Le dije al Gobierno que estoy en una guerra civil y que estoy violando las leyes. No me dejo engañar. Les pedí que me dieran una orden para ir a Roumeli a luchar por los turcos, ya sea para disolver mi cuerpo o enviar otro y yo Me siento como un simple ciudadano, pero no escucho una orden de guerra civil", afirma.
Sin embargo, se le ordenó ir a Arcadia. Mientras tanto, Ibrahim desembarcó en el Peloponeso. Las fuerzas griegas, bajo el mando del propio Kountouriotis, fueron profundamente derrotadas por Ibrahim en la batalla de Kremmidi. Entonces el caudillo egipcio sitió las fortalezas de Navarino. Makrygiannis estaba, durante este período, en Arcadia. Cuando se enteró de lo que estaba pasando intentó ir a pelear con sus hombres. Sin embargo, los jefes de gobierno de la zona no lo dejaron ir porque temían por su seguridad. Pero sus hombres tampoco mostraron mucho entusiasmo. "La mitad de ellos estaban a favor de mí, vamos, la mitad de ellos dieron la vuelta, y el Gobierno, me dijeron, no nos nombró para los árabes, nos nombró para Arcadia".
Finalmente, Makrygiannis, con algunos de sus hombres, fue a Navarino y luchó contra Ibrahim, manteniendo el castillo de Neokastro, durante varios días, hasta que lo entregó por tratado y se dirigió a Kalamata en un barco británico, con los hombres que le habían sobrevivido. Cerca de Kalamata se encontró por última vez con Papaflessa, que se dirigía a encontrar su destino en Maniaki. Le dijo a Makrigiannis que lo siguiera. Pero éste se negó, ya que sus hombres estaban desarmados y muchos de ellos heridos.
Makrygiannis con sus hombres llegó a Tripolitsa. Pero allí tuvo que hacer frente a una rebelión de sus hombres, que exigían salarios y compensaciones por las valiosas armas que se habían visto obligados a dejar en Neokastro. . Makrygiannis los pagó a sus expensas. Después de esto fue a Nafplio, pero el gobierno le ordenó regresar a Tripolitsa, para defender la ciudad contra las falanges de Ibrahim que se acercaban. Pero de camino a Tripolitsa se enteró de que la ciudad ya había sido conquistada.
