En noviembre de 1948, el general Markos, como se conocía ahora a Vafiadhis, tuvo que ceder el liderazgo de la guerrilla a Nikos Zakhariadis, un militante comunista experimentado. Uno o dos meses después, el mariscal Alexander Papagos, ganador de la campaña albanesa de 1940-1941, tomó el mando del ejército griego.
Los partisanos estaban ahora enfrascados en una lucha desesperada, pero podrían haber resistido más tiempo en las montañas del norte si el presidente Tito no hubiera hecho pública en julio de 1949 su intención de cerrar la frontera greco-griega. Yugoslavia y cesar toda ayuda a los partisanos. El mariscal Tito se había separado del bloque comunista, era peligroso para él tener una nación hostil en su frontera sur. Por lo tanto, se apresuró a concluir una alianza con Atenas.
El 16 de octubre, los comunistas anunciaron por radio que cesarían la lucha para evitar al país de la destrucción total.
La tercera fase de la Guerra Civil griega estaba llegando a su fin. Le había costado a las fuerzas gubernamentales más de 21.000 muertos y desaparecidos y 40.000 heridos. Casi 12.000 casas fueron destruidas y más de 4.000 civiles ejecutados por los partisanos; miles más, incluidos niños, fueron tomados como rehenes al otro lado de las fronteras griegas. Pero las consecuencias más graves de esta guerra civil fueron morales y psicológicas. Grecia todavía soporta la peor parte del odio y la sospecha que dejó la guerra civil; también sufre por el hecho de que toda una generación ha madurado en un período en el que la lucha política sólo podía ofrecerle esta imagen.
