Una de las grandes preocupaciones de Felipe el Hermoso, el gran asunto de su reinado es el conflicto con la Santa Sede, el choque con Bonifacio VIII. El primer incidente estalló en 1296. En enero, Felipe, siempre escaso de dinero, obtuvo de la Asamblea del Clero el levantamiento de un décimo. Protesta del clero, que se considera agraviado.
El 24 de febrero, el Papa promulga su famosa bula Clericis laicos, que prohíbe cualquier recaudación de dinero al clero sin autorización del Papa y afirma que el el poder temporal pide contribuciones al clero sólo para reducirlo "a su poder y a su dominación". Incluso antes de la publicación de esta bula el 18 de agosto, Philippe le Bel, el 17 del mismo mes, firmó una ordenanza que prohibía toda salida de oro o plata del reino.
Medida destinada a facilitar la política financiera de devaluación llevada a cabo por el rey, pero que avergonzaría considerablemente al papado. Furioso, Bonifacio VIII clamó por la tiranía y promulgó la bula Ineffabilis Amor en septiembre.
Sin embargo, el conflicto amainó temporalmente. La bula Romano Mater Ecclesia, de febrero de 1297, anula la bula Clericis laicos. El 31 de julio, un nuevo texto, Etsi de statu, autoriza al clero a consentir el levantamiento de un nuevo décimo. Otra prueba de la buena voluntad del Papa fue el cierre del proceso de canonización de Luis IX, San Luis. Sin embargo, a finales de 1299, cuando Bonifacio propuso a Felipe arbitrar el nuevo conflicto franco-inglés, nacido de la alianza de los Capetos con Alberto de Austria, el rey respondió magníficamente "que el gobierno del reino le pertenece a él y sólo a él". ", y que no conoce "ningún superior".
Un conflicto mucho más grave estalló en 1301 cuando, en julio, Felipe arrestó al obispo de Pamiers, Bernard Saisset*, amigo de Bonifacio VIII, a quien algunos acusaron de haber insultado al rey. Finalmente acusado de "herejía, traición, sedición y otras fechorías", Saisset se presentó en Senlis ante el rey y sus consejeros. Un memorial, preparado por Pierre Flotte*, advirtió al Papa. Este último, mediante la bula Ausculta fili, en el mes de diciembre, afirma la superioridad de la Santa Sede sobre todos los demás poderes, convoca un concilio en Roma y critica el gobierno interno de Felipe.
Furia del rey y de su consejo, el conde de Artois quema la bula y las cartas del Papa. Philippe prohíbe toda relación, toda correspondencia con la Santa Sede, y convoca para el Domingo de Ramos los estados del reino, futuros estados generales. Pierre Flotte escribe, a su manera, un resumen de la bula que subordina al rey al Papa. Los estados, barones, prelados y representantes de las ciudades, reunidos en Notre-Dame el 10 de abril de 1302, afirman la superioridad temporal del rey y prohíben a los obispos acudir al concilio. A pesar de la prohibición, muchos prelados viajan a Roma en noviembre.
Bonifacio, mediante la bula Unam sanctam, afirma la existencia de "dos espadas, la espiritual y la temporal", y la superioridad de la primera. , afirma también "que es absolutamente necesario que toda criatura humana esté sujeta al Romano Pontífice para llegar a la salvación". Al igual que los demás cristianos que impedirían a los prelados responder al llamamiento del Papa, Philippe le Bel está amenazado de excomunión. En marzo de 1303, el rey convocó una nueva asamblea en el Louvre ante la cual Nogaret exigió la destitución del Papa y la convocatoria de un concilio general. El conflicto se intensifica, el Papa parece cada vez más decidido a excomulgar a Philippe y éste a deponerlo. Nogaret obtiene el apoyo de los Colonna, enemigos de los Orsini, parientes de Bonifacio VIII. El 7 de septiembre, con su ayuda, intentó secuestrar al Papa refugiado en Anagni. El pontífice morirá un mes después.
Su sucesor Benedicto XI, hombre amable y prudente, absuelve a Felipe el Hermoso y a sus barones del crimen cometido contra su predecesor, pero no a Nogaret, a quien convoca en mayo de 1304 a comparecer ante él. A partir del mes de julio, muy oportunamente, hasta el punto de que algunos acusan a Felipe de haberlo hecho envenenar, Benedicto XI se da por vencido. La vacancia del trono papal continúa desde hace más de un año. Sólo el 14 de noviembre de 1305, los cardenales eligen a Bertrand de Goth, arzobispo de Burdeos, que se convierte en Papa con el nombre de Clemente V. Este último nombra pronto nueve cardenales franceses, ante gran furia de los italianos, ahora en minoría. Luego fijó su residencia, en 1309, en Aviñón; Lo que los italianos llaman el "cautiverio de Babilonia" durará hasta 1378. En 1311, el pontífice rompe todas las decisiones tomadas por Bonifacio VIII contra Felipe el Hermoso. Las teorías del rey, el absolutismo real, prevalecen definitivamente sobre el ideal de supremacía papal de Bonifacio.
