Y sobre todo, porque no podía soportar el enorme poder que representaban los Templarios, poseedores de considerables bienes muebles e inmuebles, Philippe le Bel se rindió en 1307 a los argumentos de Guillaume de Nogaret, que dedicó un odio feroz a la orden. .
Los Templarios fueron arrestados el 13 de octubre y sus propiedades confiscadas. La mayoría confiesa inmediatamente, siguiendo el ejemplo de su gran maestro Jacques de Molay, lo que se les quiere confesar, aceptando acusaciones de libertinaje, inmoralidad o herejía. Clemente V envió una carta de protesta al rey el 27 de octubre, pero ordenó el arresto de todos los Templarios en Europa el mes siguiente.
A finales de año, Philippe acepta entregar los prisioneros al Papa, pero tiene cuidado de no cumplir. Cambiando de actitud, el Papa ordena a principios de 1308 suspender el procedimiento y declara que el asunto deberá ser evocado ante él. Clemente, amenazado por el rey y por Nogaret, se somete.
Para guardar las apariencias, los prisioneros serán entregados al Papa, quien inmediatamente los entregará a los oficiales del rey. Interrogados por obispos diocesanos e inquisidores, los Templarios continúan confesando.
El gran maestre y los dignatarios debían comparecer ante el Papa; en 1310 se estaba planeando un concilio para decidir el destino de la orden. Después del segundo juicio a los Templarios, un primer grupo de acusados fue a la hoguera en 1309.
Otros le seguirían. Varios Templarios, sin embargo, reconsideraron sus confesiones a partir de 1310. La orden fue suprimida por Clemente V el 3 de abril de 1312 y, el 18 de marzo de 1314, el Gran Maestre y cuatro dignatarios fueron a su vez conducidos a la hoguera, para ser se retractó de sus confesiones. Antes de morir, Molay habría predicho el próximo fin de Clément y Philippe.
Tras el oscuro asunto de los Templarios, un drama, que afectó personalmente al rey, y al prestigio monárquico, ensombreció aún más los últimos meses del reinado. Acusadas de adulterio con los hermanos Aulnay, sus nueras, Jeanne, Marguerite y Blanche, comparecen ante los jueces reales. Los hermanos Aulnay mueren en un sufrimiento atroz, Marguerite y Blanche son encarceladas, sólo Jeanne logra aclararse.
