Según las propuestas de la Misión del Gabinete, Lord Wavell consiguió que se formara el Gobierno Interino en Delhi el 2 de septiembre de 1946. En él sólo participaron los líderes del Congreso. Jawaharlal Nehru fue nombrado Primer Ministro de este gobierno. También fueron nombrados ministros Sardar Patel, Dr. Rajendra Prasad, M. Asaf Ali, C. Rajagopalachari, Sarat Chandra Bose, Dr. John Mathai, Sardar Baldev Singh, Sir Shafaat Ahmed Khan, Jagjivan Ram, Syed Ali Zaheer y Kovesji Hormusji Bhabha.
Se sustituyeron cinco puestos que correspondían a la Liga Musulmana. El Congreso había nombrado ministros a tres musulmanes no pertenecientes a la Liga Musulmana, lo que no fue tolerado bajo ninguna circunstancia por la Liga Musulmana.
Jinnah declaró:'El virrey ha infligido un tremendo golpe a la Liga Musulmana y a los musulmanes, pero estoy seguro de que los musulmanes de la India soportarán este golpe con perseverancia y coraje. Aprenderán una lección al no lograr asegurarles una participación justa y digna en este gobierno interino.
... Puede tener consecuencias peligrosas y graves. Desde arriba han herido aún más nuestra mente herida al nombrar a tres musulmanes. Mientras que saben que no cuentan con el respeto y la confianza de la India musulmana.'
El 1 de septiembre de 1946, en vísperas de que el Congreso tomara juramento al gobierno interino, Bombay fue sacudida por disturbios comunales. Banderas negras comenzaron a ondear en las casas de los musulmanes en Sandhurst Road. Se impuso el toque de queda, se llamó al ejército, pero 35 personas murieron y 175 resultaron heridas en un ritual de violencia que duró toda la noche. Durante una semana continuaron disturbios esporádicos en Bombay. El 10 de septiembre, 200 civiles habían perdido la vida. La violencia también estalló en Karachi, pero el llamamiento a la paz y la tolerancia difundido por el ministro principal de la Liga, Sheikh Ghulam Hussain, ayudó a los musulmanes de la ciudad a contener sus emociones.
El secretario jefe británico de Sindh dijo:'Debido a los horribles acontecimientos de Calcuta, un lado está sentado con un descontento miserable y el otro es víctima de un pánico estúpido.'
Según el informe del secretario jefe, ambas comunidades participan en la recopilación de inteligencia. El 2 de septiembre de 1946, Jawaharlal formó el gobierno interino y en un mensaje transmitido al pueblo del país el 7 de septiembre, Nehru dijo:'Se ha formado un nuevo gobierno en esta tierra antigua. Lo llamamos gobierno interino o provisional. Esta antigua y querida tierra nuestra vuelve a sacar su identidad de las angustias y los dolores. Una vez más, al alcanzar la pubertad, había un brillo de coraje en sus ojos. Una vez más tiene fe en sí mismo y ha visto su destino.'
Unos días después de que el gobierno tomara juramento, Sir Shafat Ahmed Khan, un ministro no musulmán del gobierno interino, fue apuñalado siete veces por fanáticos de la Liga Musulmana en Shimla. Después de repetidos intentos de Wavell y la destitución de ministros musulmanes no pertenecientes a la Liga Musulmana de su gabinete por parte de Nehru y Sarat Chandra Bose, hermano de Subhas Chandra Bose, la Liga Musulmana también acordó unirse al Gobierno Interino para que el gobierno del Congreso pueda tener problemas.
Liaquat Ali, I. I. Chundarigar, Abdul Rab Nishtar y Jogendranath Mandal fueron nombrados ministros de la Liga Musulmana. Jinnah nombró a Jogendranath ministro en nombre de la Liga Musulmana, probablemente para que el Congreso no afirmara que lidera a todos los hindúes del país.
El 2 de noviembre, los miembros de la Liga Musulmana acudieron al edificio del virrey para hacer una oferta para unirse al Gobierno provisional. Nehru también fue allí. Su vehículo estaba estacionado fuera del edificio y se dice que una turba musulmana le prendió fuego.
Ese día, líderes musulmanes como Liaquat Ali, que vino a participar en la Asamblea Legislativa Central, intentaron rodear el coche de Jawaharlal y si algún joven hindú no hubiera atacado a esa turba musulmana para salvar a Nehru en ese momento, entonces es difícil decir qué Le pasó a Nehru. Esa misma noche, en Sadar Bajad, Delhi, activistas de la Liga Musulmana comenzaron a matar hindúes separándolos de los musulmanes deteniendo vehículos. Los hindúes también se manifestaron en su contra. Esto provocó una pelea que duró varias horas.
