La iglesia funcionó en América, como en España, tenía una jerarquía que atendía a su componente episcopal y religioso . La jerarquía diocesana, obispos y arzobispos, era nombrada según los procedimientos regulados por el Patronato. De esta manera, el Consejo de Indias presentó al rey una lista de candidatos y el monarca elegido, quien era presentado al Papa para su nombramiento y el Sumo Pontífice, en una medida simbólica, le concedía el cargo a título personal y vitalicio.
Expansión del clero en América
Las diócesis eclesiásticas comenzaron a establecerse en América a partir de 1508, cuando se decidió crear los obispados de Santo Domingo y Concepción, en La Española y San Juan de Puerto Rico. La mayoría de los 42 obispados creados en América durante el periodo colonial fue paralelo a la conquista. En efecto, durante la primera mitad del siglo XVI se fundaron 22 obispados, el 52%, mientras que en la segunda mitad sólo se crearon 9, el 21%, y el ritmo se ralentizó en los siglos siguientes:5 en el siglo XVII y 6 en el siglo XVIII. Esto significa que en el siglo XVI el esquema diocesano americano estaba prácticamente completado. Inicialmente todas las diócesis quedaron integradas en la provincia metropolitana de Sevilla, pero pronto se decidió separar la Iglesia americana para evitar el control de Roma. Los problemas que planteaban la distancia y el tiempo necesario para resolver cualquier cuestión hicieron evidente, en el siglo XVI, la necesidad de establecer arzobispados. Así, en 1504, la arquidiócesis de Yaguatá fue creado. , luego Santo Domingo, que controlaba el Caribe y la costa de Tierra Firme, y de la que dependían las diócesis sufragáneas de Magua y Baynúa. Posteriormente se crearon nuevas sedes arzobispales y episcopales en centros de importancia política, como México, cuya jurisdicción abarcaba desde Guatemala hasta California; o Lima desde Nicaragua hasta Cuzco.
A medida que avanzaba el proceso de conquista y colonización, los esquemas anteriores quedaron obsoletos y pronto los límites del arzobispado de Lima se ampliaron para incluir a Chile y el Alto Perú y se creó el arzobispado de Santa Fe de Bogotá, que controlaba el territorio. entre Nicaragua y Quito.
A finales del siglo XVI existían cuatro arquidiócesis (Santo Domingo, México, Santa Fe de Bogotá y Lima) con 26 obispados. De Santo Domingo dependían los obispados de Santiago de Cuba, San Juan de Puerto Rico y Coro; de México, Guadalajara, Valladolid, Puebla, Antioquia, Chiapas, Mérida, Verapaz, Comayagua, Guatemala y León; de Santa Fe de Bogotá, Cartagena y Popayán; y de Lima, Panamá, Quito, Trujillo, Cuzco, Arequipa, La Plata, Asunción, Santiago del Estero, Santiago de Chile y La Imperial. En el siglo XVII se produjeron algunos cambios:La Plata se convirtió en arzobispado y pasó a controlar los obispados de La Paz, Mizque, Córdoba y Buenos Aires. También se crearon las oficinas de Durango, subordinadas a México; la de Caracas, en lugar de Coro y dependiente de Santo Domingo; el de Santa Marta, de Santa Fe de Bogotá; y Huamanga, de Lima.
Organización del clero en América
En las primeras décadas del siglo XVI, la escasez de representantes del clero secular para dirigir las parroquias y las doctrinas hizo necesario recurrir con bastante frecuencia a miembros de órdenes religiosas. Esto provocó frecuentes conflictos de autoridad:¿a quién debían obediencia los religiosos que actuaban como párrocos o doctrinaros, a los obispos o a sus superiores jerárquicos, básicamente los provinciales de las órdenes? Por eso se puede afirmar que el clero secular respondía directamente al rey, que era quien lo había nombrado, mientras que los regulares tenían sus compromisos con los priores de cada orden. La escasez de personal religioso no sólo se dejó sentir en los niveles inferiores de la jerarquía, sino también en los más altos, hasta el punto de que 142 de los 214 obispos nombrados en el siglo XVI pertenecían a alguna orden. También hubo conflictos jurisdiccionales entre obispos y provinciales, por un lado, y autoridades laicas, por el otro. Este último, en uso de los derechos de mecenazgo cedidos por el monarca, creyó justificado que interfirieran en la labor de las autoridades eclesiásticas.
Los problemas jurisdiccionales, de obediencia, competencia, administrativos o doctrinales fueron constantes. Para intentar solucionarlos, los consejos diocesanos fueron creados. , que funcionaban como órganos consultivos y asesores de los obispos. Su tamaño dependía de la importancia de la diócesis a la que estaban adscritos, pero sus miembros tendían a representar intereses encontrados, lo que a menudo dificultaba la toma de decisiones o el logro de acuerdos consensuales. Arriba encontramos los sínodos y concilios diocesanos, más centrados en temas (como la evangelización de los indígenas), disciplinarios o pastorales. Los concilios provinciales (reunión de los obispos de una archidiócesis presidida por el arzobispo) comenzaron a celebrarse para dar cumplimiento a las disposiciones establecidas en el Concilio de Trento . Inicialmente fue realizado por los arzobispados de México y Lima, aunque hubo algunos en otras diócesis menores. Su principal objetivo era buscar la evangelización de los indios y atender las obras locales. Como las disposiciones iniciales establecían que los concilios debían reunirse cada tres años, Felipe II pidió al Vaticano, dadas las enormes distancias y dificultades de comunicación en las colonias, que en América el plazo se ampliara a cinco años. Posteriormente, este período se ampliaría a siete (1584) y doce años (1610). Sin embargo, lo más común fue que no se cumplieran los plazos, como ocurrió en México, donde el arzobispo Montúfar convocó los dos primeros, celebrados en 1555 y 1565. Entre 1551 y 1629 se celebraron 11 concilios provinciales, mientras que en el siglo siguiente y un la mitad no se realizó ninguno. Los sínodos, reuniones del obispo con el clero de su diócesis, se ocupaban de los asuntos disciplinarios o pastorales del obispado.
En las diócesis se crearon tres tipos diferentes de establecimientos eclesiásticos:parroquias, doctrinales y misiones , aunque este último no dependía directamente de los obispos. Parroquias se establecían preferentemente en ciudades con importante población blanca y solía colocarse a su cabeza un párroco, que era sustituido por un miembro del clero regular cuando no había representantes del clero secular para cubrir las vacantes. Las doctrinas, al igual que las encomiendas, eran parroquias rurales constituidas en los territorios donde se encontraban los grupos indígenas sedentarios y sus jefes solían estar en el asentamiento más importante de una región. Era común recurrir a la autoridad del cacique para que las comunidades indígenas prestaran su colaboración en la construcción de la iglesia y el apoyo del sacerdote, a quien se conocía con el nombre de doctrinaro. Doctrinas y encomiendas solían estar relacionadas entre sí, ya que cada encomienda debía tener su doctrina para asegurar la evangelización de los indígenas a cargo de un encomendero. Como los encomenderos no se molestaban en instruir religiosamente a los indios ni estaban habitualmente capacitados para hacerlo, debían contratar a los sacerdotes y pagar sus salarios con los ingresos de los impuestos que pagaba la comunidad. Al igual que en las parroquias, los doctrinaros, especialmente durante el período de la conquista, solían ser regulares, ya que las órdenes religiosas generalmente aceptaban que sus miembros estuvieran vinculados como doctrinaros a las encomiendas. Las misiones solían ser un elemento minoritario y periférico en el mundo colonial y estaban ubicadas en regiones no controladas directamente por las autoridades coloniales donde las rebeliones indígenas eran frecuentes, poniendo en peligro la integridad física de los misioneros.
Evangelización del clero en América
La escasez de sacerdotes en las parroquias y de doctrinas llevó a promover las vocaciones indígenas desde temprana edad, aunque era un objetivo difícil de alcanzar. Se pensaba que los sacerdotes indios, especialmente si pertenecían a la nobleza indígena, podían tener un mejor impacto en sus conciudadanos, especialmente si hablaban su propia lengua y manejaban sus propios códigos. La creación del colegio de Tlatelolco, cercano a México, no cumplió con las expectativas al reclutar pocos hijos de caciques con vocación religiosa. Algunas reglas que debían observarse, como el voto de castidad, les parecieron extrañas a los estudiantes indígenas. Ante esta realidad, el primer concilio mexicano restringió el acceso de los indios a los seminarios. Debido a numerosas quejas sobre el funcionamiento de los doctrinaros, en la segunda mitad del siglo XVI se prohibió nombrar para ese cargo a sacerdotes que desconocieran la lengua de los indígenas que iban a evangelizar. Incluso se planteó la posibilidad de que realicen un examen antes de tomar posesión del puesto en cuestión. Ante la acumulación de protestas elevadas a la superioridad y la falta de material para profundizar en el estudio de lenguas que muchas veces no tenían ni vocabularios ni gramáticas, la demanda se limitó a una serie de lenguas denominadas generales porque su uso estaba más extendido. entre los nativos de las diferentes regiones. Tal fue el caso del náhuatl, quechua aymara, chibeha y maya . La necesidad de contar con obras para el estudio de las lenguas indígenas y libros en estas lenguas para desarrollar la evangelización (gramáticas, catecismos y confesionarios), impulsó la presencia y desarrollo de la imprenta en América. Esta política de difusión y apoyo a las lenguas indígenas fue abandonada en el segundo cuarto del siglo XVII, cuando la Corona apostó claramente por el uso del español en detrimento de las lenguas locales.