El comercio colonial no fue sólo transatlántico, también hubo comercio interior aunque durante mucho tiempo los investigadores, deslumbrados por el metal enviado a la metrópoli, descuidaron la actividad comercial dentro del continente .
En América hubo flujos comerciales, no sólo locales sino también regionales e intercoloniales, destinados a abastecer a ciudades y centros mineros. El motor de estos flujos fue la necesidad de las oligarquías locales y regionales de tener suficiente dinero para pagar las importaciones europeas y cubrir otros gastos. La comunicación de las ciudades y centros productivos con sus mercados locales y regionales dio lugar a una intensa actividad económica ligada al comercio interno. La cría y venta de mulas y la fabricación de carretas y otros medios de transporte movilizaban recursos y generaban trabajo. Para mantener operativas las rutas comerciales se construyó una red de puestos y posadas para permitir el descanso durante sus trayectos a arrieros, arrieros, comerciantes, mensajeros y pocos viajeros, ya que el mal estado de los caminos dificultaba la comunicación.
A pesar de las prohibiciones, el comercio intercolonial fue un hecho en los mares interiores del Imperio, como el Caribe y el Pacífico. La necesidad de plata de las economías regionales para pagar los productos europeos impulsó el movimiento de mercancías y el comercio a larga distancia dentro del continente. De esta manera, la Yerba mate del Paraguay Llegó a los mercados del Río de la Plata (Santa Fe y Buenos Aires), Chile, Alto y Bajo Perú e incluso Quito. Dada la existencia de aduanas internas y el alto costo de los fletes, por estos circuitos sólo pasaban determinados productos. Las parcelas interregionales aprovecharon las rutas marítimas, por el menor impacto de sus fletes. Un circuito muy frecuentado fue el del Caribe, cuyos centros eran Veracruz y La Habana, y comunicaba con colonias tan dispares como México, Venezuela, Panamá o Cuba. El cacao de Maracaibo y Caracas comenzó a exportarse regularmente a México en 1622. Otro negocio importante fue la redistribución de sobras , las manufacturas europeas que los comerciantes de las flotas no habían podido vender y que los comerciantes cubanos comenzaron a reexportar a otras colonias, a pesar de que en 1598 se había prohibido su tráfico entre las islas del Caribe.
El Pacífico, o Mar del Sur, fue otra zona de gran movimiento con sus dos subcircuitos, el mexicano y el peruano. , siendo Panamá su punto divisorio. Fueron frecuentes los contactos de El Callao, Guayaquil y Acapulco con Centroamérica. Acapulco distribuyó los productos orientales que llegaban al Galeón de Manila. En 1591 la Corona prohibió el comercio entre México y Perú , medida reiterada en 1631 y 1634, para evitar que la plata peruana fluyera a través de Acapulco hacia Filipinas y el Este en lugar de hacerlo regularmente hacia la metrópoli. A pesar de las prohibiciones, el comercio se mantuvo y la reiteración de los pedidos no hace más que confirmar su incumplimiento. El intenso tráfico marítimo del Pacífico Sur se vio afectado por los piratas, quienes obligaron a retirarse las rutas, especialmente las que transportaban plata desde Potosí a Lima. Metal potosino fue enviado en mula al puerto de Arica , desde donde se embarcaron hacia El Callao. Desde allí la Armada del Mar del Sur lo envió a Panamá. Posteriormente, se decidió realizar todo el transporte a lomo de mula, desde los depósitos del Alto Perú hasta Lima , a pesar del mayor coste y duración del viaje, dado el considerable aumento en seguridad.
Finalmente, estaba el comercio local, que conectaba los bienes con el mayor número posible de consumidores, y las ciudades con los territorios circundantes que les abastecían de productos frescos (carne, lácteos y verduras). En las ciudades de cierta importancia existían mercados donde se comercializaban estos productos, y alrededor de ellos giraban vendedores y compradores, funcionarios de los municipios encargados de cobrar las tarifas y cuidar que los pesos y medidas respetaran la ley, guardias de seguridad, inspectores, jueces, etc. También existían mataderos en las afueras de las ciudades donde se sacrificaba el ganado enviado a los mercados. Era común que los indígenas tuvieran sus propios mercados. Finalmente, cabe mencionar el capital que movió el comercio minorista, pues no sólo se deben considerar las mercancías vendidas a lo largo del año, sino también el mercado inmobiliario urbano. Así, constantemente se vendían o alquilaban numerosos locales, especialmente en los centros urbanos, siendo los inmuebles cercanos a la plaza principal los más valorados.
