Los encomenderos, los terratenientes españoles que tenían encomiendas, tenían derecho a exigir tributos y trabajo a los indígenas que vivían en sus tierras. Los indios se vieron obligados a trabajar largas horas en los campos, las minas y otras industrias, a menudo en condiciones duras y peligrosas. Se les pagaba poco o nada por su trabajo y, a menudo, se les sometía a abusos físicos y humillaciones.
Además de las dificultades físicas, los indios que vivían en encomiendas también fueron sometidos a opresión cultural y religiosa. Se vieron obligados a convertirse al cristianismo y abandonar sus creencias y prácticas tradicionales. Los misioneros a menudo utilizaban la coerción y la violencia para reprimir las religiones y lenguas indígenas.
El sistema de encomienda fue una importante fuente de riqueza para los colonos españoles, pero tuvo un gran costo para la población indígena. Las duras condiciones y el trabajo forzoso provocaron una fuerte disminución de la población indígena y muchas comunidades fueron diezmadas por las enfermedades, el hambre y la violencia.
El sistema de encomienda finalmente fue abolido en el siglo XVIII, pero su legado continúa moldeando la vida de los pueblos indígenas en América Latina en la actualidad. La explotación y opresión experimentada por los pueblos indígenas durante el período de la encomienda ha dejado un impacto duradero en sus comunidades, y la lucha por la justicia social y el reconocimiento cultural continúa hasta el día de hoy.