Aún hoy, muchos creen que el pensamiento racional fue en gran medida responsable del desarrollo de todo el conocimiento científico acumulado hasta entonces. La observación y los experimentos han ayudado al hombre a desentrañar las grandes incógnitas de la naturaleza. En este sentido, es habitual observar a las ciencias naturales (Biología, Física y Química) como las principales beneficiarias de todas estas acciones promovidas por el interés humano.
Sin embargo, las creencias y el pensamiento religiosos no contribuyeron por completo al desarrollo de las ciencias. Una prueba clara de esta idea la podemos ver cuando centramos nuestra atención en un misterioso grupo de eruditos:los alquimistas. Los relatos de estos “científicos” dicen que sus intereses en la manipulación de materiales químicos y orgánicos rodeaban la búsqueda incesante del elixir de la vida eterna y la transformación de los metales en oro.
Teniendo su apogeo entre los siglos XIV y XVI, la alquimia tuvo sus orígenes en el Antiguo Egipto. En la ciudad de Alejandría, centro de conocimiento erigido por el emperador Alejandro, se reunieron escritos de una antigua técnica egipcia llamada kyniâ. Esta técnica egipcia implicaba dominar los procesos químicos de embalsamamiento y manipulación de metales. Al entrar en contacto con la sabiduría griega, kymiâ llegó a considerar que toda materia estaba constituida por cuatro elementos básicos:tierra, aire, agua y fuego.
Durante la dominación romana sobre Egipto, la alquimia llegó a ser condenada por las autoridades imperiales. Con la oficialización del cristianismo, ordenada por el emperador Constantino, en el año 330, un grupo de herejes vinculados a la práctica de la alquimia fueron perseguidos por las autoridades romanas. Conocidos como nestorianos, estos practicantes de la alquimia se refugiaron de la persecución religiosa en Persia. En aquella época, muchos persas se interesaron por dominar estas técnicas.
La expansión islámica también fue de gran importancia en la preservación y expansión del conocimiento alquímico. El Corán, el libro sagrado de los musulmanes, previó que el conocimiento de la naturaleza era una forma loable de acercarse a Alá. Por ello, muchos árabes desarrollaron estudios que involucraban elementos químicos y metales preciosos. Si bien este tipo de conocimiento se desarrolló en el mundo islámico, la Europa medieval sabía poco sobre estos estudios.
Con el movimiento cruzado, en la Baja Edad Media, la alquimia entró en contacto con los europeos. Su búsqueda de la vida eterna, propuesta por algunos alquimistas, chocó con el pensamiento religioso de la época. Este tipo de audacia fue vista como una ofensa a la idea de que sólo Dios podía otorgar el don de la vida eterna. Así, para evitar posibles persecuciones o que sus conocimientos fueran revelados, los alquimistas solían utilizar una simbología compleja que guardaba los procesos y experimentos desarrollados por ellos.
Aunque la Iglesia la desaprobaba, la alquimia era una actividad común entre algunos clérigos. Roger Bacon y Santo Tomás de Aquino escribieron algunos experimentos donde reportaron la obtención de oro a través de otras sustancias y la creación de un hombre mecánico. Durante el siglo XVI, la alquimia comenzaba a adquirir una nueva comprensión. El filósofo británico Francis Bacon (1561 – 1626) ya creía que la alquimia podría desarrollar otros tipos prometedores de conocimiento científico.
En el siglo XVII, Robert Boyle comenzó a lanzar algunos de los puntos que fundamentarían el nacimiento de una nueva ciencia:la química. Al parecer sus ideas buscaban alejarse del lado místico de la alquimia. Sin embargo, el propio Boyle creía que un metal podía transmutarse. Isaac Newton (1643-1727) fue otro gran científico interesado en la alquimia. El hallazgo de la "piedra filosofal" ocupó varios de sus estudios.
A lo largo del siglo XVII, la popularización del conocimiento científico ganó espacio frente a los códigos y secretos de la alquimia. Además, la separación entre fe y razón, defendida por el pensamiento de la Ilustración, hacía que el conocimiento alquímico fuera visto como una mera invención.
Incluso dotada de creencias que perseguían la vida eterna y el confort material, la alquimia no podía situarse fuera de la historia del desarrollo de la ciencia. Muchos de los instrumentos utilizados en los procesos químicos y el estudio de algunos elementos fueron creados gracias al espíritu emprendedor de los alquimistas. Además, la tesis de la transformación de elementos químicos fue confirmada por varios estudios desarrollados durante el siglo XX.