En cualquier caso, sólo 20 años después de la muerte de Miguel VIII, las posesiones de Asia Menor, en su mayor parte, habían sido perdidas por el Imperio, con la excepción de las ciudades fortificadas, que sin embargo quedaron excluidas. de los turcos y hubo una especie de asedio flojo.
En 1301,en la batalla de Vafeos, cerca de Nicomedia, el Imperio logró enviar sólo 2.000 hombres para ayudar a esta gran ciudad de Asia Menor de la amenaza de los otomanos, bajo el mando del comandante de la Gran Compañía George Mouzalon.
La mitad de los hombres de Muzalone eran mercenarios alanos. Los turcos desplegaron sólo 5.000 hombres en la batalla. Los bizantinos fueron derrotados, ya que los alanos ni siquiera lucharon. Las pérdidas no fueron grandes, ya que los derrotados huyeron a la fortificada Nicomedia.
Esta batalla, en teoría, no debería considerarse importante. Pero lo es. Según los historiadores turcos, fue esta victoria la que "dio origen" al Imperio Otomano. Fue la primera victoria de los otomanos contra las fuerzas imperiales.
La fácil victoria llenó a los turcos de confianza en sí mismos y desprecio por el oponente . Sin embargo, esto es indicativo tanto de la debilidad de los bizantinos como de los otomanos, que tampoco tenían fuerzas fuertes. Si el Imperio tuviera, en aquel momento, 10.000 soldados dignos, la historia de hoy sería diferente.
Tal fue la decadencia del Imperio que sólo pudo enviar 2.000 hombres contra los turcos para defender las antiguas metrópolis del helenismo en Bitinia.
Fuentes bizantinas afirman que, en 1320, el emperador Andrónico II se vio obligado a imponer un impuesto especialmente elevado, con cuyo dinero aspiraba a formar una fuerza militar de 3.000 hombres. De ellos, 1.000 operarían en las posesiones de Asia Menor y el resto en territorios europeos.
Sin embargo, ni siquiera esto se logró, ya que los planes del emperador fueron anulados por su conflicto con su nieto Andrónico III. Durante su duración las posesiones de Asia Menor quedaron completamente a merced de los turcos. Mientras los dos paleólogos luchaban por la posesión del trono, los turcos avanzaban sin ser molestados. En 1326, los turcos otomanos conquistaron Bursa, después de un asedio de 10 años, y la convirtieron en su capital. Teniendo ahora una base estable, continuaron sus incursiones destructivas en todas las regiones bizantinas de Asia Menor.
Batalla de Pelekano
Ante estos acontecimientos, el nuevo emperador Andrónico III decidió personalmente hacer campaña contra los otomanos. El emperador, junto con el gran doméstico Juan Cantacuzino, cruzó hacia Asia Menor, al frente de sólo 2.000 soldados regulares y un número indeterminado de irregulares. Este ejército, el 10 de junio de 1329, se enfrentó a 8.000 otomanos bajo el mando del sultán Orhan. Los turcos enviaron 300 de su caballería ligera para hostigar a los bizantinos.
Todo el día transcurrió en un ajetreo, sin nada sustancial. Cuando los bizantinos consideraron que habían conseguido su propósito, que no era otro que realizar una forma de demostración militar, decidieron retirarse. Pero entonces los turcos los atacaron e hirieron al emperador en la pierna. La herida de Andrónico causó confusión y pánico.
A la mañana siguiente, los bizantinos, mal – mal, se retiraron en cuatro falanges. Los turcos los persiguieron y alcanzaron a uno de ellos, al que literalmente destruyeron, conquistando también el campamento bizantino. La Batalla de Pelekano, como fue llamada, desde la cercana fortaleza del mismo nombre, (también conocida como Batalla de Philokrine, desde la cercana, también pequeña ciudad del mismo nombre) fue el segundo y último intento de los bizantinos para enfrentarse a los otomanos en el campo de batalla de Asia Menor.
Como en la batalla de Vafeos, los bizantinos fueron derrotados, ya que sólo tenían 2.000 soldados reales, contra cuatro veces más turcos. Después de esta derrota, el destino de Asia Menor quedó sellado. Las poblaciones de Asia Menor perdieron completamente su confianza en Constantinopla y muchos de los habitantes de estas regiones se sometieron a los turcos y lucharon a su lado . Los turcos siguieron el sistema bizantino de bienestar, distribuyendo timiras a sus vasallos, entre los que se encontraban muchos bizantinos convertidos.
