Pero todo fueron sólo ilusiones. Los éxitos de los alemanes les habían costado caro:sólo durante los primeros veintidós días de la ofensiva, las unidades blindadas alemanas habían perdido más de la mitad de sus tanques; Al 19 de julio, 1.284 aviones enemigos estaban fuera de combate. De julio a septiembre tuvieron lugar grandes batallas a lo largo de todo el frente germano-soviético.
En el sector noroeste, los alemanes atacaron hacia Tallin, la base principal de la flota del Báltico y Leningrado. Las tropas soviéticas, apoyadas por la marina, defendieron Tallin hasta el 28 de agosto y sólo evacuaron la ciudad por mar por orden del mando, para alejar la amenaza que se cernía sobre Leningrado. El paso de la flota a Kronstadt, en el Golfo de Finlandia, se realizó en condiciones excepcionalmente difíciles, teniendo la fuerza aérea alemana el control absoluto del aire. De 195 buques de guerra, transportes y auxiliares, 53 se perdieron, pero el enemigo no logró aniquilar a la Flota del Báltico, que retomó su lugar en la batalla.