Jinnah entendió por el anuncio del Primer Ministro Attlee que ahora nadie puede impedir la formación de Pakistán, pero quería mantenerse preparado para cualquier situación. Jinnah estaba preparando hábilmente a los musulmanes para una sangrienta guerra civil en el improbable caso de que no se aceptara la creación de Pakistán. Su siguiente movimiento fue muy decisivo.
Sabía que no lograría superar los discursos políticos pronunciados en los foros de la Liga Musulmana de Pakistán. Pakistán obtendrá las brillantes y afiladas armas de la Guardia Nacional Musulmana, que estuvo preparando durante los últimos siete años y que ya había utilizado con éxito las armas en acción directa.
En la sesión de la Liga Musulmana de Bombay el 15 de junio de 1940, se dieron instrucciones a las Ligas Musulmanas provinciales para organizar y fortalecer la Guardia Nacional Musulmana para la protección de la vida y la propiedad de los musulmanes. A partir de entonces quedó claro que la Liga Musulmana estaba a punto de iniciar una guerra civil tarde o temprano.
La Guardia Nacional Musulmana fue entrenada en lucha, apuñalamiento y asalto con una variedad de armas. Se recogió una gran cantidad de armas para este ejército y los soldados musulmanes disueltos del ejército indio fueron reclutados en el ejército de la Liga. Este ejército continuó expandiéndose y dotándose de equipo militar.
Se formaron sus dos organizaciones, una fue el Cuerpo de Voluntarios de la Liga Musulmana y la otra fue la Guardia Nacional Musulmana. La Guardia Nacional era una organización secreta de la Liga Musulmana. Su membresía era secreta y contaba con sus propios centros de entrenamiento y cuarteles generales donde sus miembros recibían entrenamiento militar e instrucciones que los beneficiarían en tiempos de disturbios, como el uso de palos, lanzas y cuchillos. 'Salar' Se llamó a los comandantes de unidad de la Guardia Nacional Musulmana.
Los altos soldados de la Guardia Nacional, armados con armas, solían quedarse alrededor de Jinnah para protegerlo. En enero de 1947, la policía de Punjab allanó la oficina de la Guardia Nacional Musulmana en Lahore y allí se recuperó un gran número de cascos de acero, insignias y equipo militar.
La Guardia Nacional Musulmana tenía sus propios camiones y jeeps que se utilizaban para atacar zonas hindúes y sijs y para robar a pasajeros individuales. Los miembros de la Guardia Nacional Musulmana solían llevar consigo gasolina, que fue utilizada en un incendio provocado.
En abril de 1947, Akhtar Hussain, secretario principal del gobierno de Punjab, informó al gobernador de Punjab que la Liga Musulmana había reclutado a 5.630 guardias. Los informes de 15 días después decían que el número de la Guardia Nacional de la Liga Musulmana es ahora de unos 39.000.
Además de hacer preparativos armados, la Liga Musulmana comenzó a presionar a los gobiernos y legislaturas de las provincias que quería incluir en el futuro Pakistán. Los musulmanes no tenían mayoría en Assam, pero aun así la Liga Musulmana quería incluirlos en Pakistán.
La Liga Musulmana comenzó a expulsar a los hindúes de estas provincias para que los propios hindúes se hartaran y le dieran a Pakistán el Pakistán que deseaba. En el momento en que la riqueza del país se dividía entre Pakistán y la India durante el gobierno interino, la Liga Musulmana intentaba hacer que el plan de Lord Mountbatten fracasara.
El Sr. Jinnah y Gandhiji hicieron una declaración conjunta y pidieron a los electores de ambas comunidades que mantuvieran la amistad mutua. Al menos esta declaración de la Liga Musulmana equivalía a arrojar polvo a los ojos de los hindúes. La Liga Musulmana hizo caso omiso de esa declaración y comenzó a hacer esfuerzos para que aquellas áreas de la India que Jinnah quería en Pakistán y que no fueron entregadas a Pakistán según el plan Mountbatten, fueran tomadas.
Durante los últimos 10 años en Punjab, hubo un gobierno conjunto de Malik Khizir Hayat Khan del Partido Unionista, que incluía a hindúes, musulmanes y sijs. Los activistas de la Liga deterioraron tanto la ley y el orden en Punjab que el 2 de marzo de 1947, el gobierno de Hayat Khan tuvo que dimitir y el gobernador consiguió que se formara el gobierno de la Liga Musulmana.
