El 22 de diciembre de 1313 se nombró una comisión pontificia. Estaba compuesta por tres cardenales y abogados del rey de Francia y debía decidir sobre el destino de los cuatro dignatarios de la Orden. Ante esta comisión reiteraron sus confesiones.
El 11 o 18 de marzo de 1314, los cuatro Templarios fueron llevados al patio de Notre-Dame de París para que les leyeran la sentencia. Fue allí donde Jacques de Molay, maestre de la Orden del Temple, Geoffroy de Charnay, tutor de Normandía, Hugues de Pairaud, visitante de Francia y Geoffroy de Goneville, tutor en Poitou-Aquitania, supieron que estaban condenados a cadena perpetua. .
Sin embargo, Jacques de Molay y Geoffroy de Charnay proclamaron su inocencia. Habían mentido así a los jueces de la Inquisición, fueron declarados reincidentes y tuvieron que sufrir otra sentencia. Aquí está la descripción de ello, en su crónica latina, Guillaume de Nangis, cronista de la época:"Pero cuando los cardenales creían haber puesto fin a este asunto, de repente e inesperadamente dos de ellos, el gran maestre y el maestro de Normandía, se defendieron obstinadamente del cardenal que había pronunciado el sermón y del arzobispo de Sens (Philippe de Marigny), retractándose de su confesión y de todo lo que habían confesado.
Al día siguiente, Felipe el Hermoso convocó su consejo y, ignorando a los cardenales, condenó a los dos Templarios a la hoguera. Fueron llevados a la isla de los judíos para ser quemados vivos.
Geoffroi (o Godefroi) de París fue testigo ocular de esta ejecución. Escribió en su crónica métrica (1312-1316), las palabras del maestro de la orden:"(...)Veo aquí mi juicio donde morir libremente me conviene; Dios sabe quién se equivoca, quién ha pecado. Él pronto caerá sobre quienes nos condenaron injustamente:Dios vengará nuestra muerte (...)" Al proclamar su inocencia y la del orden hasta el final, Jacques de Molay se refirió así a la justicia divina. y fue ante el tribunal divino donde convocó a quienes en la Tierra lo habían juzgado. Los dos condenados pidieron volver el rostro hacia la catedral de Notre-Dame para rezar. Murieron con la mayor dignidad. Guillaume de Nangis añadió:"Los vimos tan decididos a sufrir la tortura del fuego, con tal voluntad, que despertaron la admiración de todos los que presenciaron su muerte...".
La decisión real fue tan rápida que después se descubrió que la pequeña isla donde se había erigido la hoguera no estaba bajo la jurisdicción real, sino bajo la de los monjes de Saint-Germain-des-Prés. Por tanto, el rey tuvo que confirmar por escrito que la ejecución no afectaba en modo alguno a sus derechos en la isla.
