El comercio con los nuevos territorios se organizó bajo las Capitulaciones de Santa Fe, pero la multiplicidad de intereses, incluida la Corona, modificó las condiciones de intercambio con ultramar. En 1493 se instaló una oficina de aduanas en Cádiz para centralizar el negocio con las Indias y, dos años después, se autorizó a los súbditos de los Reyes Católicos – castellanos y aragoneses – a comerciar con las colonias. En 1503 se fundó la Casa de Contratación a orillas del Guadalquivir para controlar las relaciones comerciales con América, convirtiendo a Sevilla en el centro de la economía atlántica. En 1522 se creó la Casa de Contratación de La Coruña, destinada a organizar expediciones a las Molucas; aunque duró sólo siete años, amenazó la supremacía sevillana, que quedó reafirmada en 1573.
Encuentros con corsarios
A partir de 1520 los ataques continuos a los barcos mercantes castellanos y el aumento de los flujos obligaron a proteger las naves procedentes de las Indias. La captura, en 1523, de parte del tesoro de Cortés por el corsario francés Jean Fleur fue una llamada de atención. Desde entonces, los convoyes de Indias navegaban bajo escolta armada. El sistema de flotas y galeones, enmarcado en la "Carrera de Indias", constituyó un circuito férreo alrededor del monopolio castellano y la dominación sevillana. Las flotas surgieron en 1543 y su organización se consolidó a partir de 1564, cuando crecieron los envíos de plata y se reforzó la seguridad. Mientras la Armada de Nueva España se dirigía a México, la Flota de los Galeones garantizaba la comunicación con Tierra Firme y Perú. A cambio de la exportación de metales preciosos y materias primas (especialmente tintes), las colonias recibían manufacturas europeas (telas y papel de calidad), hierro, mercurio, especias y alimentos peninsulares (trigo, aceite, caña).
Sistema de defensa del comercio exterior
El conjunto de flotas y galeones protegía los flujos que llegaban a la metrópolis y mantenía operativas las rutas interoceánicas, amenazadas por piratas, corsarios y flotas rivales. El coste era elevado, pero la Corona y los particulares consideraban que valía la inversión. En los ciento cincuenta años de funcionamiento del sistema sólo se registraron tres ataques: en 1628 el almirante holandés Piet Heyn capturó una flota en la bahía de Matanzas (Cuba) y, en 1656‑1657, el almirante inglés Blake la asaltó cerca de las Islas Canarias. El monopolio se mantuvo prácticamente sin cambios hasta mediados del siglo XVIII, imponiendo dos restricciones: prohibía a los extranjeros comerciar con las colonias y centralizaba todo el comercio exterior colonial en Sevilla para controlar mejor los intercambios y la recaudación tributaria.
Sevilla: principal puerto comercial
El monopolio sevillano excluía a los demás puertos peninsulares del comercio con América, situación que se modificó entre 1765 y 1778 con la aprobación de las Regulaciones de Libre Comercio. La riqueza minera transformó a Sevilla, que pasó de una pequeña capital andaluza de 45 000 habitantes a finales del XV a una gran ciudad europea de casi 130 000 a principios del XVII. Para concentrar los flujos comerciales y facilitar la protección militar y fiscal, el sistema de flotas se estructuró en torno a pocos núcleos: Sevilla, única ciudad europea con supremacía, y los puertos de las Islas Canarias y La Habana, que ofrecían refugio, abastecimiento y reparaciones. En 1525 la Corona autorizó a Gran Canaria, Tenerife y La Palma a negociar con América. Cuando el sistema se consolidó, las flotas convergían en La Habana para regresar juntas a la metrópolis. En 1717, con el traslado de la Casa de Contratación a Cádiz, se cumplió el anhelo gaditano de liderar la "Carrera de Indias".
Inconvenientes y ventajas de Sevilla
Entre los inconvenientes destacaba la distancia de más de 100 km con Cádiz, que obligaba a navegar por el Guadalquivir, cruzando numerosos bajíos como el de Sanlúcar, donde a menudo encallaban embarcaciones; el dragado del río era una tarea permanente. Sin embargo, Sevilla estaba mejor protegida que Cádiz frente a tormentas atlánticas y a ataques ingleses o bereberes. Además, contaba con un mercado más amplio y rico, un hinterland extenso que facilitaba el aprovisionamiento de las flotas, y una poderosa presencia de casas comerciales nacionales y extranjeras, así como de un Consulado creado en 1543 que equilibraba la balanza a su favor.
Ruta principal de las flotas y galeones
El destino principal de las flotas era Veracruz, en la Nueva España, mientras que los galeones llegaban a Tierra Firme para conectar el virreinato del Perú con la metrópolis. La capital peruana pasó de Nombre de Dios a Portobelo, en el istmo de Panamá; allí la mercancía cruzaba a la costa del Pacífico, mitad transportada en mulas y mitad por el navegable río Chagres, hasta llegar a Panamá y, después, a El Callao, puerto de Lima, en la Armada del Mar del Sur. Nombre de Dios y Portobelo solo recibían actividad cuando la flota arribaba o cuando se enviaban los tesoros peruanos. Las duras condiciones sanitarias del istmo impidieron el asentamiento de una población estable, reforzando el papel defensivo de Cartagena de Indias como puerto comercial de la región. Teóricamente, la periodicidad de ambas flotas era anual: las flotas zarpaban en abril y los galeones en agosto, aunque cumplir esas fechas resultaba complicado. Con el tiempo, los intervalos se alargaron; en la segunda mitad del siglo XVII se enviaron 25 flotas a Nueva España y 16 a Tierra Firme, aproximadamente una cada dos años a Veracruz y una cada tres a Sudamérica. En los primeros cuarenta años del siglo XVIII los intervalos crecieron a tres años para México y casi seis para Tierra Firme.
El contrabando
El fraude de los comerciantes de la "Carrera de Indias" era tan amplio que se habla de contrabando a gran escala. En la Nueva España sólo un tercio del comercio exterior era legal; el resto era clandestino. A mediados del siglo XVII, al menos el 25 % de la plata enviada por la Armada del Mar del Sur no quedaba registrada para reducir impuestos. Numerosas mercaderías, sobre todo plata, desembarcaban en secreto en los puertos de la Bahía de Cádiz para ser introducidas de forma furtiva por los "metedores" en Cádiz o Sevilla. Las declaraciones oficiales subestimaban el volumen real, que se conocía a través de la prensa extranjera y de los propios comerciantes. Por ello, la Real Hacienda imponía a los mercaderes un "perdón" que equilibraba la diferencia entre lo declarado y lo supuestamente defraudado, sin que los comerciantes protestaran.