En el año 2686 a.C. Ascendió al trono Necherjet, más conocido posteriormente como Dyeser o Zoser, el segundo faraón de la tercera dinastía del Antiguo Reino de Egipto. Según Manetón, Zoser gobernó durante 29 años, aunque la lista de Turín dice que solo fueron 19. Sin embargo, los numerosos proyectos de construcción importantes llevados a cabo durante su reinado sugieren que Manetón tiene razón.
Los primeros años de su reinado posiblemente residió en Abidos, en el Alto Egipto, donde inició la construcción de su tumba, al igual que sus predecesores en la Primera y Segunda Dinastías.
Pero cuando la capital se trasladó a Memphis, el proyecto quedó inconcluso. La nueva tumba se construiría en Saqqara, la principal necrópolis de la ciudad en la orilla occidental del río Nilo, a unos 30 kilómetros al sur del actual Cairo.
Zoser contó para el proyecto con Imhotep, el primer arquitecto e ingeniero conocido de la historia, su visir o chati (el funcionario de mayor rango, después del faraón) y sumo sacerdote de Heliópolis.
Imhotep, que también era matemático, médico y astrónomo, estuvo a cargo de planificar y supervisar todos los proyectos de construcción de Zoser. Imhotep era tan importante que su nombre incluso aparecía mencionado en las inscripciones de las estatuas del faraón.
Imhotep concibió para la tumba de Zoser un complejo monumental con una estructura hasta ahora desconocida. Comenzó construyendo una mastaba, un tipo de tumba tradicional egipcia de base cuadrada o rectangular con techo plano y paredes laterales de adobe ligeramente inclinadas hacia adentro. Este tipo de construcción era donde habitualmente se enterraba a los faraones durante el periodo Arcaico.
Esta primera mastaba construida por Imhotep tenía una base casi cuadrada, de unos 63 metros de lado y 8 metros de altura, y estaba realizada en piedra (por ello se considera la primera estructura monumental del mundo realizada en piedra).
Pero luego tuvo la ingeniosa idea de construir otra mastaba más pequeña encima de esta, y luego otra, hasta que la estructura tuvo seis mastabas apiladas una encima de otra y cada una un poco más pequeña que la anterior. Había creado la primera pirámide en Egipto.
Está hecho de piedra caliza maciza y tiene sólo un estrecho pasillo que conduce al centro del monumento y termina en una tosca cámara en la que se esconde la entrada a la tumba. Una vez terminado y revestido de piedra caliza blanca pulida (de 2 metros de espesor promedio), tenía 62 metros de altura, por aproximadamente 121 metros por 109 metros en la base.
Durante las obras, el diseño fue cambiando y adaptándose a las necesidades de la familia real, por lo que la mastaba original se amplió para incorporar sus tumbas.
Bajo él se excavó un gran laberinto de pasillos y cámaras de casi 6 kilómetros de longitud. En el centro de este complejo subterráneo se encuentra la tumba de Zoser, a 28 metros de profundidad, construida en granito y revestida de yeso. La entrada estaba sellada con enormes losas que pesaban un total de 3,5 toneladas, colocadas como piezas de un rompecabezas.
Algunos egiptólogos creen que la concepción de la forma piramidal en la que adquirió la mastaba inicial se debió al deseo de que fuera visible desde Menfis. Otros, en cambio, creen que la pirámide escalonada fue siempre la forma final imaginada por Imhotep.
La pirámide escalonada de Zoser en Saqqara sería el modelo que eventualmente daría lugar a la tumba piramidal estándar en el Antiguo Reino de Egipto, las de las últimas dinastías IV, V y VI, incluidas las famosas pirámides de Giza.
Manetón, escribiendo muchos siglos después, afirma que Imhotep (a quien llama Imuthes) descubrió cómo construir con piedra tallada además de introducir reformas en el sistema de escritura y ser recordado como un gran médico. Algunos investigadores creen que Imuthes sería posteriormente deificado por los griegos con el nombre de Asclepio (Esculapio para los romanos).
Desde marzo de 2020 se puede visitar el interior de la primera pirámide construida en Egipto, tras 14 años de trabajos de restauración.