Cachemira era el único estado del país cuyo rey era hindú, pero la mayoría de la población del estado era musulmana. En la división geográfica de la India realizada por Radcliffe, Cachemira tenía la posibilidad de encontrarse con India o Pakistán en cualquier país, o permanecer completamente separados. Después de la independencia de la India, el rey de Cachemira Hari Singh decidió permanecer separado de la India y Pakistán. Jinnah comprendió su derecho natural sobre Cachemira. Hubo tres razones principales para esto:
(1) Las fronteras de Pakistán y Cachemira solían encontrarse.
(2) Cachemira tenía más población musulmana que hindú.
(3) Algunos ríos solían originarse en Cachemira y entraron en Pakistán después de fluir hacia la India por cierta distancia e iban a resultar ser el salvavidas para Pakistán.
Cuando Cachemira no se encontró en Pakistán y el rey de Cachemira decidió permanecer separado de India y Pakistán, el 22 de octubre de 1947, Pakistán invadió Cachemira de las tribus pastunes. El ejército uniformado de Pakistán también fue enviado con estos tribales. Este ejército llegó a Baramulla y empezó a saquear. Maharaja Harisingh buscó ayuda del Gobierno de la India.
Sardar Patel expresó su deseo de salvar Cachemira, pero Nehru y Mountbatten se opusieron diciendo que el ejército indio no debería ser enviado a Cachemira hasta que el rey de Cachemira expresara su deseo de unirse a la India. Sobre esto, Patel, confiando en el Ministro de Defensa Baldev Singh para salvar Srinagar y el paso de Baramulla, empleó equipos de seguridad indios en territorios indios en la frontera de Cachemira de tal manera que pudieran ser enviados a la zona de guerra inmediatamente. También consiguió que se construyera la carretera de Srinagar a Pathankot. Harisingh firmó el Instrumento de Adhesión a la India cuando las fuerzas de Pakistán quedaron a sólo 35 kilómetros de Srinagar.
Ahora Nehru y Mountbatten se vieron obligados a enviar el ejército indio a Cachemira, pero Mountbatten creía que Cachemira debería fusionarse con Pakistán debido a que era un estado de mayoría musulmana y fronterizo con Pakistán. Mientras que Sardar Patel creía que Cachemira debería fusionarse con la India, siendo el reino de un rey hindú durante siglos. Mountbatten aconsejó a Nehru que llevara el asunto a las Naciones Unidas.
Sardar Patel se opuso a esta propuesta, pero Pandit Nehru se manifestó en palabras de Mountbatten. Mountbatten y Nehru también querían llevar la cuestión de Junagadh a las Naciones Unidas, pero allí también Sardar Vallabhbhai Patel y Sardar Baldev Singh habían salvado a Junagadh emprendiendo una acción militar. También se tomó una decisión similar en el caso de Cachemira.
En calidad de viceprimer ministro, Sardar Patel, hablando con el ministro de Defensa, Sardar Baldev Singh, ingresó al ejército indio en Cachemira a través de Gurdaspur en Punjab y aterrizó aviones de la Fuerza Aérea India en Srinagar. Por otro lado, siguiendo el consejo de Mountbatten, pt. Nehru llevó el asunto a las Naciones Unidas. El 1 de enero de 1948, la India se quejó ante el Consejo de Seguridad de que Cachemira, una parte de la India, había sido invadida por miembros de tribus armadas y que Pakistán les estaba proporcionando ayuda tanto directa como indirectamente.
Esta invasión ha amenazado la paz y el orden internacionales. Por lo tanto, se debería pedir a Pakistán que retire su ejército y no preste ayuda militar a las tribus y esta acción de Pakistán debería considerarse como un ataque a la India.
El 15 de enero de 1948, Pakistán rechazó las acusaciones de la India y acusó a la India de mala práctica, diciendo que la adhesión de Jammu y Cachemira a la India es inconstitucional y no puede ser reconocida. El Consejo de Seguridad constituyó un comité de cinco naciones para resolver este problema y pidió a este comité que observara la situación sobre el terreno y llegara a un compromiso.
El Comité de las Naciones Unidas llegó a Cachemira e inspeccionó el lugar y el 13 de agosto de 1948, ambas partes hicieron varias sugerencias para detener la guerra y llegar a un acuerdo, sobre lo que hubo una larga discusión entre las dos partes. Finalmente, el 1 de enero de 1949, ambas partes acordaron un alto el fuego. También se decidió que la decisión final se tomaría mediante un plebiscito. Para ello se nombró administrador al ciudadano estadounidense Chester Nimitz, pero Pakistán no cumplió los términos del acuerdo y el referéndum no pudo celebrarse.
Nimitz renunció a su cargo. Nehru y Mountbatten complicaron gravemente el problema de Cachemira al llevarlo a las Naciones Unidas. Por esto Sardar Patel se enojó con Jawaharlal Nehru. Debido a las políticas equivocadas de Nehru, en 1962 China también suprimió una gran parte de Cachemira que todavía está en su poder. En 1965, hubo una vez más una guerra entre Pakistán y la India por Cachemira y Pakistán suprimió una gran parte de Cachemira que todavía está bajo ocupación pakistaní.
Mientras se desarrollaba en Cachemira la guerra acusada por Pakistán, el gobierno indio detuvo la transferencia de los activos decididos en la partición a Pakistán. El 17,5 por ciento de las propiedades británicas-indias se entregarían a Pakistán. El efectivo fue manejado por el Banco de la Reserva de la India y detuvo transferencias por valor de 75 millones de rupias durante varios meses. Ante la presión de Gandhiji, el gobierno de Nehru tuvo que dar 55 millones de rupias a Pakistán.
Pakistán no obtuvo de la guerra de Cachemira los ríos que quería capturar con la fuerza de sus bayonetas, pero debido a la guerra de Cachemira, 165.000 toneladas de armas, municiones y otro material de defensa que llegaban a Pakistán quedaron atrapadas en la propia India. De esto, la India liberó sólo 4.730 toneladas hasta el 31 de marzo de 1948 y luego 18.000 toneladas el 10 de septiembre de 1948. Pakistán afirmó que hasta esa fecha la India le debía 1.42.000 toneladas de municiones a Pakistán.
